Outre le grand nombre de figurines, religieuses ou profanes, qui parsèment les stalles, deux grands ensembles iconographiques peuvent être cernés, centrés sur l'Ancien Testament et la Vierge.

- Des sujets de genre ou de fantaisie composent les appuis-main des parcloses, entre les stalles. Sur les pendentifs et culs-de-lampe du dais qui coiffe les stalles hautes, des bouquets de feuillage alternent avec des groupes de personnages laissés au choix des sculpteurs. Ces milliers de figures sont l'occasion de brosser avec verve et humour la vie de l'époque.

- Le cycle de l'Ancien Testament compte environ 170 scènes bibliques. Le livre de la Genèse est le plus abondamment illustré avec 130 scènes : 25 reliefs évoquent l'Exode, 7 l'histoire de Samson, 4 celle de David et 3 celle de Job. La lecture du cycle commence par la maîtresse stalle, à droite en entrant, puis suit les stalles hautes en direction du sanctuaire, fait retour en sens inverse le long des stalles basses, pour passer à la maîtresse stalle de gauche et, de là, suivre un cheminement parfaitement symétrique à celui du sud. Le récit débute avec le péché originel, l'expulsion du Paradis d'Adam et Ève, contraints de travailler, avec en contrepoint une statue de la Vierge écrasant le serpent.

- L'ensemble consacré à la Vierge est particulièrement mis en évidence. Sur la jouée de la stalle haute, placée immédiatement à droite de l'entrée principale du chœur, sont illustrées les litanies de la Vierge qui l'exaltent près de la Création d'Adam et Ève et du péché originel, relégué au revers du panneau. Le cycle de la Vierge, qui comprend 39 scènes, commence sur les jouées basses du côté sud, où sont illustrés les épisodes allant de sa conception jusqu'à la Visitation. Le récit se poursuit du même côté, sur la jouée qui clôt à l'est les stalles hautes, avec les épisodes de la Nativité à la Présentation au temple. Il reprend, sur la jouée haute à gauche de l'entrée principale du chœur, avec le Massacre des innocents et, au revers, 3 épisodes de la Fuite en Égypte. Les jouées basses du côté nord sont illustrées de scènes de la vie publique du Christ et de la Passion, depuis sa dispute dans le Temple avec les docteurs jusqu'à l'Ascension. Le cycle aboutit sur la jouée de la stalle haute, à l'extrémité orientale du même côté nord, avec 4 scènes exaltant la Vierge : la Pentecôte, sa Dormition, l'Assomption et son Couronnement.

- La confrontation des deux cycles narratifs de l'Ancien et du Nouveau Testament se résume dans la présence, au sommet des dais architecturés des deux maîtresses stalles, des figures de l'Église et de la Synagogue.